CE 2024 – IR – BAP E – Chef de projet ou expert (H/F) en Ingénierie logicielle
UMR5294 – LPHI – Laboratory of Pathogens and Host Immunity
Directeur – Georges LUTFALLA
Motif : Remplacement
Corps : Ingénieur de recherche
BAP : E – Informatique, statistiques et calcul scientifique
Emploi-type : E1C43 – Chef de projet ou expert (H/F) en Ingénierie logicielle
Compétences interdisciplinaires : non
Quotité : Temps plein
Ingénieur·e de recherche en développement logiciel
Missions (2000 caractères maximum) :
L’ingénieur de recherche en développement logiciel a pour mission la conception, vérification et diffusion d’outils de traitement de données, intelligence artificielle, de modélisation et de visualisation pour l’intégration de données biologiques et médicales, basés sur des algorithmes et méthodologies développés dans notre laboratoire.
Activités (2000 caractères maximum) :
1) Mettre en place des outils de traitement de données, intelligence artificielle, de modélisation et de visualisation des données et des résultats de la modélisation.
– développement d’outils intégrant des algorithmes développés par les chercheurs du laboratoire
– suivi des normes de qualité logicielle
– rendre accessibles certains outils à la communauté internationale via des serveurs dédiés
– assurer la mise à jour des outils
2) Développer des solutions pour le calcul intensif en utilisant des architectures locales et externes.
– optimiser les méthodes numériques (équations différentielles, simulations stochastiques, apprentissage et IA)
– optimiser des solutions d’accélération matérielle sur les machines des laboratoires et mettre en place des solutions pour la distribution des calculs sur les machines des centres régionaux ou nationaux.
– optimiser le stockage des données et des résultats de calculs, archivage
3) Mettre à disposition de la communauté scientifique des outils computationnels développés par le laboratoire.
4) Assurer la formation des utilisateurs (biologistes, stagiaires, etc.).
5) Assurer le lien entre les équipes et les réseaux nationaux en calcul scientifique et bioinformatique (GDR Calcul, Institut Français de Bioinformatique), participer à des réunions de réseaux nationaux.
Description des compétences (2000 caractères maximum) :
– Maîtrise des systèmes d’exploitation UNIX.
– Connaissances théoriques en technologies de modélisation, simulation et intelligence artificielle.
– Connaissances théoriques et pratiques en calcul scientifique et méthodes numériques.
– Maitrise de langages de programmation orientée objet (C++, Java, Python), des logiciels pour le calcul scientifique (Matlab, Julia, Maple) et des outils pour l’IA (Pytorch, TensorFlow, OpenAI).
– De l’expérience dans l’utilisation du calcul haute performance.
– Connaissance de l’anglais écrit et oral.
– Des connaissances de base en biologie et intérêt pour ce domaine seront appréciées.
Contexte :
La modélisation mathématique et l’intelligence artificielle sont des outils incontournables de la recherche en biosanté. Le laboratoire LPHI accueille plusieurs équipes qui utilisent ces méthodologies dans leur recherche. L’équipe Computational Systems Biology développe des approches mécanistiques et IA hybrides pour la biologie des systèmes. Deux autres équipes utilisent des données omiques et la bioinformatique dans leurs recherches sur la malaria. Les besoins en modélisation, apprentissage et IA sont croissants. Avec son expertise en modélisation et traitement de données, LPHI intègre sa stratégie dans la dynamique du site, en interaction avec d’autres laboratoires et entreprises locales, impliqués dans les applications de l’intelligence artificielle en biosanté. L’Université de Montpellier et le CNRS soutiennent un projet de Fédération de Recherche IA-Biologie ayant l’appui de tous les acteurs montpelliérains du domaine, en programmant plusieurs recrutements entre 2023 et 2026.
L’ingénieur·e est affecté·e à l’UMR LPHI et est placé·e sous la responsabilité hiérarchique du directeur d’unité. Il·elle rejoint l’équipe Computational Systems Biology.